عرض مصدر ORF9b

{{Infobox protein family
| class = <!-- to save space: mw-collapsible mw-collapsed -->
| Symbol = bCoV_lipid_BD
| Name = بروتين فيروس كورونا بيتا المرتبط بالليبيد
| image = 2cme sarscov orf9b.png
| caption = بنية [[دراسة البلورات بالأشعة السينية|علم البلورات السيني]] ل[[مثنوي بروتين]] ORF9b الخاص ب[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]]، تُظهر جزيء ال[[ليبيد]] في التجويف المركزي (أصفر). من {{PDB|2CME}}.<ref name="meier_2006">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Meier |الأول1=Christoph |الأخير2=Aricescu |الأول2=A. Radu |الأخير3=Assenberg |الأول3=Rene |الأخير4=Aplin |الأول4=Robin T. |الأخير5=Gilbert |الأول5=Robert J.C. |الأخير6=Grimes |الأول6=Jonathan M. |الأخير7=Stuart |الأول7=David I. |عنوان=The Crystal Structure of ORF-9b, a Lipid Binding Protein from the SARS Coronavirus |صحيفة=Structure |تاريخ=July 2006 |المجلد=14 |العدد=7 |صفحات=1157–1165 |doi=10.1016/j.str.2006.05.012|pmid=16843897 |pmc=7126280 }}</ref>
| Pfam = PF09399
| Pfam_clan =
| InterPro = IPR018542
| SMART =
| PROSITE =
| MEROPS =
| CATH =
| SCOP =
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| CAZy =
| CDD =
| Membranome superfamily =
| Membranome family =
}}
'''ORF9b''' (سمي سابقا في بعض الأحيان ORF13) هو [[جين]] يشفر [[بروتين فيروسي#بروتينات منظمة وملحقة فيروسية|بروتينا ملحقا]] في [[جنيس (تصنيف)|جُنيس]] [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|فيروسات كورونا بيتا السارسية]] (Sarbecovirus) الذي يشمل [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]] و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]]. وهو [[جين متداخل]] [[قالب قراءة مفتوح|إطار القراءة المفتوح]] الخاص به مضمن كليا في جين [[بروتين القفيصة النووية لفيروس كورونا]].<ref name="liu_2014">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Liu |الأول1=Ding Xiang |الأخير2=Fung |الأول2=To Sing |الأخير3=Chong |الأول3=Kelvin Kian-Long |الأخير4=Shukla |الأول4=Aditi |الأخير5=Hilgenfeld |الأول5=Rolf |عنوان=Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses |صحيفة=Antiviral Research |تاريخ=September 2014 |المجلد=109 |صفحات=97–109 |doi=10.1016/j.antiviral.2014.06.013|pmid=24995382 |pmc=7113789 }}</ref><ref name="mcbride_2012">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=McBride |الأول1=Ruth |الأخير2=Fielding |الأول2=Burtram |عنوان=The Role of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)-Coronavirus Accessory Proteins in Virus Pathogenesis |صحيفة=Viruses |تاريخ=7 November 2012 |المجلد=4 |العدد=11 |صفحات=2902–2923 |doi=10.3390/v4112902|pmid=23202509 |pmc=3509677 |doi-access=free }}</ref><ref name="redondo_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Redondo |الأول1=Natalia |الأخير2=Zaldívar-López |الأول2=Sara |الأخير3=Garrido |الأول3=Juan J. |الأخير4=Montoya |الأول4=Maria |عنوان=SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns |صحيفة=Frontiers in Immunology |تاريخ=7 July 2021 |المجلد=12 |صفحات=708264 |doi=10.3389/fimmu.2021.708264|pmid=34305949 |pmc=8293742 |doi-access=free }}</ref> طول البروتين الناتج منه 97 [[حمض أميني]] في سارس-كوف<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> و98 حمض أميني في سارس-كوف-2 وفي كلا الفيروسين ييشكل [[مثنوي بروتين]].
== التسمية ==
كان هنالك عدم تواقف في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى هذا الجين. أُشيرإليه في بعض الأعمال حول سارس-كوف بالـORF13. وأُشير إليه أحيانا بـORF9a وهو ما نتج عنه تسمية إطار آخر [[عكس الاتجاه ومع الاتجاه (دنا)|مع الاتجاه]] طوله 76 [[شيفرة جينية|كودونا]] في سارس كوف بـORF9b والذي يتداخل كذلك مع جين القفيصة النووية. التسمية الموصى بها تشير إلى الإطار الأكبر بـORF9b وإلى الإطار الأصغر مع الاتجاه بـ[[ORF9c]].<ref name="jungreis_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jungreis |الأول1=Irwin |الأخير2=Nelson |الأول2=Chase W. |الأخير3=Ardern |الأول3=Zachary |الأخير4=Finkel |الأول4=Yaara |الأخير5=Krogan |الأول5=Nevan J. |الأخير6=Sato |الأول6=Kei |الأخير7=Ziebuhr |الأول7=John |الأخير8=Stern-Ginossar |الأول8=Noam |الأخير9=Pavesi |الأول9=Angelo |الأخير10=Firth |الأول10=Andrew E. |الأخير11=Gorbalenya |الأول11=Alexander E. |الأخير12=Kellis |الأول12=Manolis |عنوان=Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution |صحيفة=Virology |تاريخ=June 2021 |المجلد=558 |صفحات=145–151 |doi=10.1016/j.virol.2021.02.013|pmid=33774510 |pmc=7967279 }}</ref>
== البنية ==
بروتين الـORF9b طوله 97 حمض أميني في سارس-كوف<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> و98 في سارس-كوف-2.<ref name=redondo_2021 /> ويشكل [[مثنوي بروتين|مثنويا متجانسا]] غنيا [[صحيفة بيتا|بصحائف بيتا]] يملك تجويفا [[كاره للماء|كارها للماء]] في مركزه يرتبط مع ال[[ليبيد]]ات.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /><ref name=redondo_2021 /> يمكن أن يعمل التجويف المرتبط بالليبيد كآلية غير اعتيادية لإرساء البروتين على الأغشية.<ref name=meier_2006 />
جزء من بروتين ORF9b الخاص بسارس-كوف-2 تم تحديده بنويا في مركب مع [[TOMM70A|TOM70]]، وفيه يشكل بروتين ORF9b [[لولب ألفا]] بدل بنية صحيفة بيتا الملاحظة عند العزل.<ref name="gao_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Gao |الأول1=Xiaopan |الأخير2=Zhu |الأول2=Kaixiang |الأخير3=Qin |الأول3=Bo |الأخير4=Olieric |الأول4=Vincent |الأخير5=Wang |الأول5=Meitian |الأخير6=Cui |الأول6=Sheng |عنوان=Crystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b in complex with human TOM70 suggests unusual virus-host interactions |صحيفة=Nature Communications |تاريخ=December 2021 |المجلد=12 |العدد=1 |صفحات=2843 |doi=10.1038/s41467-021-23118-8|pmid=33990585 |pmc=8121815 |bibcode=2021NatCo..12.2843G }}</ref> سلوك تغيير [[تطوي البروتين|التطوي]] هذا متوافق مع تنبؤاتٍ من [[معلوماتية حيوية|المعلوماتية الحيوية]] ويحدث كذلك في [[تنادد|نديده]] لدى سارس-كوف.<ref name="porter_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Porter |الأول1=Lauren L. |عنوان=Predictable fold switching by the SARS‐CoV ‐2 protein ORF9b |صحيفة=Protein Science |تاريخ=August 2021 |المجلد=30 |العدد=8 |صفحات=1723–1729 |doi=10.1002/pro.4097|pmid=33934422 |pmc=8242659 }}</ref>
== التعبير والتموقع ==
ORF9b هو أحد جينين اثنين [[جين متداخل|متداخلين]] يتواجدان كليا داخل [[قالب قراءة مفتوح|إطار القراءة المفتوح]] الخاص بجين [[بروتين القفيصة النووية لفيروس كورونا|القفيصة النووية]]، والآخر هو [[ORF9c]]. يُعبر عن ORF9b بواسطة [[المسح الراشح|مسح راشح للريبوسوم]] من [[جينوم الرنا الفرعي]] [[سيسترون|ثنائي السيسترون]] الخاص به.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /><ref name="xu_2009">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Xu |الأول1=Ke |الأخير2=Zheng |الأول2=Bo-Jian |الأخير3=Zeng |الأول3=Rong |الأخير4=Lu |الأول4=Wei |الأخير5=Lin |الأول5=Yong-Ping |الأخير6=Xue |الأول6=Liang |الأخير7=Li |الأول7=Li |الأخير8=Yang |الأول8=Lei-Lei |الأخير9=Xu |الأول9=Chen |الأخير10=Dai |الأول10=Jie |الأخير11=Wang |الأول11=Fei |الأخير12=Li |الأول12=Qing |الأخير13=Dong |الأول13=Qing-Xi |الأخير14=Yang |الأول14=Rui-Fu |الأخير15=Wu |الأول15=Jia-Rui |الأخير16=Sun |الأول16=Bing |عنوان=Severe acute respiratory syndrome coronavirus accessory protein 9b is a virion-associated protein |صحيفة=Virology |تاريخ=June 2009 |المجلد=388 |العدد=2 |صفحات=279–285 |doi=10.1016/j.virol.2009.03.032|pmid=19394665 |pmc=7103405 }}</ref> على عكس جاره ORF9c، طوله محفوظ جيدا بين الفيروسات البائية السارسية ويوجد دليل قوي على أنه جين مشفر لبروتين وظيفي.<ref name="jungreis_2021_natcom">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jungreis |الأول1=Irwin |الأخير2=Sealfon |الأول2=Rachel |الأخير3=Kellis |الأول3=Manolis |عنوان=SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes |صحيفة=Nature Communications |تاريخ=December 2021 |المجلد=12 |العدد=1 |صفحات=2642 |doi=10.1038/s41467-021-22905-7|pmid=33976134 |pmc=8113528 |bibcode=2021NatCo..12.2642J }}</ref>
في سارس-كوف، يتموقع هذا البروتين في الشبكة الإندوبلازمية <ref name=mcbride_2012 /> وفي [[حويصلة (أحياء)|الحويصلات]] داخل الخلوية.<ref name=meier_2006 /><ref name=liu_2014 /> لا يحتوي على {{وإو|تسلسل نقل إلى النواة|Nuclear localization sequence}} لكن يمكنه الدخول إلى [[نواة (خلية)|نواة الخلية]] عبر [[نقل سلبي|الانتشار اللافاعل]]، ويملك [[إشارة تصدير نووي|تسلسل تصدير من النواة]] يمكنه من مغادرة النواة.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> أُبلغ أنه في سارس-كوف يرتبط بغشاء ال[[ميتوكندريون|متقدرة]].<ref name=redondo_2021 />
== الوظيفة ==
وظيفة ORF9b غير محددة جيدا، وهو [[جين لازم|غير ضروري]] [[تنسخ الفيروس|لتضاعف الفيروس.]].<ref name=liu_2014 />
=== تآثرات مع البروتينات الفيروسية ===
أُبلغ أن بروتين ORF9b يتآثر مع العديد من البروتينات الفيروسية منها: [[ORF6]]، البروتين اللابنيوي 5، البروتين اللابنيوي 14 و[[البروتين الغلافي لفيروس كورونا|بروتين الغلاف]].<ref name=liu_2014 /> تم اكتشافه في [[فيروس|فيرونات]] سارس-كوف الناضجة وبالتي يمكن أن يكون [[بروتين فيروسي#بروتينات بنيوية فيروسية|بروتينا بنيويا]] ثانويا.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /><ref name=xu_2009 />
=== تأثيرات على الخلية المضيفة ===
يمكن أن يكون لبروتين ORF9b دور في تعديل الاستجابة المناعية للمضيف. أُبلغ أن بروتين سارس-كوف-2 يثبط استجابة ال[[إنترفيرون]] عبر تآثرات مع [[TOMM70A|Tom70]] وهو أحد مكونات مركب {{وإو|ترانسلوكاز الغشاء الخارجي|Translocase of the outer membrane}} لل[[ميتوكندريون|متقدرة]].<ref name=gao_2021 /><ref name="jiang_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jiang |الأول1=He-wei |الأخير2=Zhang |الأول2=Hai-nan |الأخير3=Meng |الأول3=Qing-feng |الأخير4=Xie |الأول4=Jia |الأخير5=Li |الأول5=Yang |الأخير6=Chen |الأول6=Hong |الأخير7=Zheng |الأول7=Yun-xiao |الأخير8=Wang |الأول8=Xue-ning |الأخير9=Qi |الأول9=Huan |الأخير10=Zhang |الأول10=Jing |الأخير11=Wang |الأول11=Pei-Hui |الأخير12=Han |الأول12=Ze-Guang |الأخير13=Tao |الأول13=Sheng-ce |عنوان=SARS-CoV-2 Orf9b suppresses type I interferon responses by targeting TOM70 |صحيفة=Cellular & Molecular Immunology |تاريخ=September 2020 |المجلد=17 |العدد=9 |صفحات=998–1000 |doi=10.1038/s41423-020-0514-8|pmid=32728199 |pmc=7387808 }}</ref>
== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}
{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|كيمياء حيوية|علم الفيروسات}}
[[تصنيف:بروتينات فيروس كورونا]]
[[تصنيف:بروتينات فيروسية لابنيوية]]