عرض مصدر ORF3d

{{Infobox nonhuman protein
| Name = ORF3d
| image =
| width =
| caption =
| Organism = SARS-CoV-2
| TaxID = 2697049
| Symbol = ORF3d
| AltSymbols =
| ATC_prefix =
| ATC_suffix =
| ATC_supplemental =
| CAS_number =
| CAS_supplemental =
| DrugBank =
| EntrezGene =
| HomoloGene =
| PDB =
| RefSeqmRNA =
| RefSeqProtein =
| UniProt = P0DTG0
| ECnumber =
| Chromosome =
| EntrezChromosome =
| GenLoc_start =
| GenLoc_end =
}}
'''ORF3d''' هو [[جين]] يتواجد في [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] (الفيروس المسبب ل[[مرض فيروس كورونا 2019|كوفيد 19]]) وفي واحد على الأقل من فيروسات كورونا قريبة الصلة التي تصيب [[آكل النمل الحرشفي]]، لكنه غير متواجد في باقي الفيروسات قريبة الصلة التي تنتمي إلى [[جنيس (تصنيف)|جُنيس]] [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|فيروسات كورونا بيتا السارسية]] (Sarbecovirus). طوله 57 [[شيفرة جينية|كودونا]] ويشفر بروتينا جديدا غير معروف الوظيفة.<ref name="nelson_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Nelson |الأول1=Chase W |الأخير2=Ardern |الأول2=Zachary |الأخير3=Goldberg |الأول3=Tony L |الأخير4=Meng |الأول4=Chen |الأخير5=Kuo |الأول5=Chen-Hao |الأخير6=Ludwig |الأول6=Christina |الأخير7=Kolokotronis |الأول7=Sergios-Orestis |الأخير8=Wei |الأول8=Xinzhu |عنوان=Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic |صحيفة=eLife |تاريخ=1 October 2020 |المجلد=9 |صفحات=e59633 |doi=10.7554/eLife.59633|pmc=7655111 }}</ref> وُصف [[نظير بروتيني|نظيران]] على الأقل من هذا البروتين، قد [[تعبير جيني|يُعبَّر]] عن النظير الأقل طولا (33 [[حمض أميني]]) والذي يُشار إليه بـORF3d-2 بكميات أكبر، أو يكون النظير الوحيد المعبر عنه.<ref name=nelson_2020 /><ref name="finkel_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Finkel |الأول1=Yaara |الأخير2=Mizrahi |الأول2=Orel |الأخير3=Nachshon |الأول3=Aharon |الأخير4=Weingarten-Gabbay |الأول4=Shira |الأخير5=Morgenstern |الأول5=David |الأخير6=Yahalom-Ronen |الأول6=Yfat |الأخير7=Tamir |الأول7=Hadas |الأخير8=Achdout |الأول8=Hagit |الأخير9=Stein |الأول9=Dana |الأخير10=Israeli |الأول10=Ofir |الأخير11=Beth-Din |الأول11=Adi |الأخير12=Melamed |الأول12=Sharon |الأخير13=Weiss |الأول13=Shay |الأخير14=Israely |الأول14=Tomer |الأخير15=Paran |الأول15=Nir |الأخير16=Schwartz |الأول16=Michal |الأخير17=Stern-Ginossar |الأول17=Noam |عنوان=The coding capacity of SARS-CoV-2 |صحيفة=Nature |تاريخ=7 January 2021 |المجلد=589 |العدد=7840 |صفحات=125–130 |doi=10.1038/s41586-020-2739-1}}</ref> تم الإبلاغ بأن هذا البروتين [[مولد الضد|مولد للضد]] وأن [[جسم مضاد|أجساما مضادة]] له موجودة لدى المرضى المتعافين من [[مرض فيروس كورونا 2019|كوفيد 19]].<ref name="hachim_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Hachim |الأول1=Asmaa |الأخير2=Kavian |الأول2=Niloufar |الأخير3=Cohen |الأول3=Carolyn A. |الأخير4=Chin |الأول4=Alex W. H. |الأخير5=Chu |الأول5=Daniel K. W. |الأخير6=Mok |الأول6=Chris K. P. |الأخير7=Tsang |الأول7=Owen T. Y. |الأخير8=Yeung |الأول8=Yiu Cheong |الأخير9=Perera |الأول9=Ranawaka A. P. M. |الأخير10=Poon |الأول10=Leo L. M. |الأخير11=Peiris |الأول11=J. S. Malik |الأخير12=Valkenburg |الأول12=Sophie A. |عنوان=ORF8 and ORF3b antibodies are accurate serological markers of early and late SARS-CoV-2 infection |صحيفة=Nature Immunology |تاريخ=October 2020 |المجلد=21 |العدد=10 |صفحات=1293–1301 |doi=10.1038/s41590-020-0773-7}}</ref> لا يوجد [[تنادد|نديد]] لهذا البروتين في جينوم [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]] قريب الصلة (والذي يسبب مرض ال[[متلازمة تنفسية حادة وخيمة|سارس]]).<ref name=nelson_2020 /><ref name="jungreis_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jungreis |الأول1=Irwin |الأخير2=Nelson |الأول2=Chase W. |الأخير3=Ardern |الأول3=Zachary |الأخير4=Finkel |الأول4=Yaara |الأخير5=Krogan |الأول5=Nevan J. |الأخير6=Sato |الأول6=Kei |الأخير7=Ziebuhr |الأول7=John |الأخير8=Stern-Ginossar |الأول8=Noam |الأخير9=Pavesi |الأول9=Angelo |الأخير10=Firth |الأول10=Andrew E. |الأخير11=Gorbalenya |الأول11=Alexander E. |الأخير12=Kellis |الأول12=Manolis |عنوان=Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution |صحيفة=Virology |تاريخ=June 2021 |المجلد=558 |صفحات=145–151 |doi=10.1016/j.virol.2021.02.013|hdl=1721.1/130363 |hdl-access=free }}</ref>
== التسمية ==
كان هنالك خلط كبير في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى [[بروتين فيروسي#بروتينات منظمة وملحقة فيروسية|البروتينات الملحقة]] الخاصة بسارس-كوف-2، وخاصة عدة [[جين متداخل|جينات متداخلة]] مع الـ[[ORF3a]].<ref name=jungreis_2021 /> أشارت العديد من الأوراق العلمية إلى الـORF3d وبروتينه باسم ORF3b، بسبب خلط سببه اختلافٌ في طول الإطار المفتوح [[ORF3b]] بين [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]] ( حوالي 155 [[شيفرة جينية|كودون]]) و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] (22 كودون فقط).<ref name=jungreis_2021 /> وما زاد الخلط أكثر هو ذكر أن كلا البروتين الناتجين: بروتين 57 كودون <ref name="lu_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Lu |الأول1=Roujian |الأخير2=Zhao |الأول2=Xiang |الأخير3=Li |الأول3=Juan |الأخير4=Niu |الأول4=Peihua |الأخير5=Yang |الأول5=Bo |الأخير6=Wu |الأول6=Honglong |الأخير7=Wang |الأول7=Wenling |الأخير8=Song |الأول8=Hao |الأخير9=Huang |الأول9=Baoying |الأخير10=Zhu |الأول10=Na |الأخير11=Bi |الأول11=Yuhai |الأخير12=Ma |الأول12=Xuejun |الأخير13=Zhan |الأول13=Faxian |الأخير14=Wang |الأول14=Liang |الأخير15=Hu |الأول15=Tao |الأخير16=Zhou |الأول16=Hong |الأخير17=Hu |الأول17=Zhenhong |الأخير18=Zhou |الأول18=Weimin |الأخير19=Zhao |الأول19=Li |last20=Chen |first20=Jing |الأخير21=Meng |الأول21=Yao |الأخير22=Wang |الأول22=Ji |الأخير23=Lin |الأول23=Yang |الأخير24=Yuan |الأول24=Jianying |الأخير25=Xie |الأول25=Zhihao |الأخير26=Ma |الأول26=Jinmin |الأخير27=Liu |الأول27=William J |الأخير28=Wang |الأول28=Dayan |الأخير29=Xu |الأول29=Wenbo |الأخير30=Holmes |الأول30=Edward C |الأخير31=Gao |الأول31=George F |الأخير32=Wu |الأول32=Guizhen |الأخير33=Chen |الأول33=Weijun |الأخير34=Shi |الأول34=Weifeng |الأخير35=Tan |الأول35=Wenjie |عنوان=Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding |صحيفة=The Lancet |تاريخ=February 2020 |المجلد=395 |العدد=10224 |صفحات=565–574 |doi=10.1016/S0140-6736(20)30251-8|pmc=7159086 }}</ref> وبروتين 22 كودون<ref name="konno_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Konno |الأول1=Yoriyuki |الأخير2=Kimura |الأول2=Izumi |الأخير3=Uriu |الأول3=Keiya |الأخير4=Fukushi |الأول4=Masaya |الأخير5=Irie |الأول5=Takashi |الأخير6=Koyanagi |الأول6=Yoshio |الأخير7=Sauter |الأول7=Daniel |الأخير8=Gifford |الأول8=Robert J. |الأخير9=Nakagawa |الأول9=So |الأخير10=Sato |الأول10=Kei |عنوان=SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant |صحيفة=Cell Reports |تاريخ=September 2020 |المجلد=32 |العدد=12 |صفحات=108185 |doi=10.1016/j.celrep.2020.108185|pmc=7473339 }}</ref> لهما تأثيرات كمضادين لل[[إنترفيرون]].<ref name=jungreis_2021 />
التسمية الموصى بها في سارس-كوف-2 هي استخدام المصطلح [[ORF3b]] للجين [[تنادد|النديد]] الذي طوله 22 كودونا الموجود في [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)#النهاية 5'|النهاية 5']] لجين ORF3b الخاص بسارس-كوف. واستخدام المصطلح ORF3d للجين الذي طوله 57 كودونا.<ref name=jungreis_2021 />
== علم الجينوم المقارن ==
ORF3d هو [[جين متداخل]] يتداخل [[قالب قراءة مفتوح|إطاره المفتوح]] مع كل من [[ORF3a]] و[[ORF3c]] في جينوم سارس-كوف-2. ويشكل هذا الأمر مثالا نادرا على إمكانية وجود ثلاث إطارات قراءة مفتوحة في نفس التسلسل تشفر بروتينات وظيفية.<ref name=nelson_2020 /><ref name=jungreis_2021 /> لا يتواجد ORF3d في سارس-كوف أو فيروسات كورونا الأخرى ذات الصلة، باستثناء فيروس كورونا يصيب [[آكل النمل الحرشفي]].<ref name=nelson_2020 /> تم تحديد تسلسل تسلسلات جينوم سارس-كوف-2 مرات كثيرة خلال [[جائحة فيروس كورونا|جائحة كوفيد 19]] ووُجدت أمثلة ل[[متحورات فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|متحورات سارس-كوف-2]] تملك بتورا في ORF3d بسبب تواجد [[كودون توقف]]، ووجد أن هذا الأمر واسع الانتشار.<ref name=nelson_2020 /><ref name="lam_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Lam |الأول1=Joy-Yan |الأخير2=Yuen |الأول2=Chun-Kit |الأخير3=Ip |الأول3=Jonathan Daniel |الأخير4=Wong |الأول4=Wan-Man |الأخير5=To |الأول5=Kelvin Kai-Wang |الأخير6=Yuen |الأول6=Kwok-Yung |الأخير7=Kok |الأول7=Kin-Hang |عنوان=Loss of orf3b in the circulating SARS-CoV-2 strains |صحيفة=Emerging Microbes & Infections |تاريخ=1 January 2020 |المجلد=9 |العدد=1 |صفحات=2685–2696 |doi=10.1080/22221751.2020.1852892|pmc=7782295 }}</ref>
تقترح دراسات [[معلوماتية حيوية|المعلوماتية الحيوية]] حول منطقة ORF3d أن تسلسل البروتين المحتمل إنتاجه غير [[تسلسل محفوظ|منحفظ]] جيدا وذلك يثير احتمال عدم تشفير الجين لبروتين وظيفي، رغم دلائل تجريبية على وجود تعبير على البروتين.<ref name="jungreis_2021_natcom">{{استشهاد بدورية محكمة |الأخير1=Jungreis |الأول1=Irwin |الأخير2=Sealfon |الأول2=Rachel |الأخير3=Kellis |الأول3=Manolis |عنوان=SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes |صحيفة=Nature Communications |تاريخ=December 2021 |المجلد=12 |العدد=1 |صفحات=2642 |doi=10.1038/s41467-021-22905-7|hdl=1721.1/130581 |hdl-access=free }}</ref>
== التعبير ==
يملك بروتين ORF3d [[نظير بروتيني|نظيرين]]، واحد طوله 57 [[حمض أميني]] والثاني 33 حمض أميني، ويُعرف هذا الأخير باسم ORF3d-2.<ref name=nelson_2020 /> توجد دلائل تجريبية من دراسات مثل [[برفلة الريبوسوم]] على حدوث تعبير جيني على الأقل لـORF3d-2، من دون وجود دليل واضح على التعبير عن ORF3d كامل الطول.<ref name=nelson_2020 /><ref name=finkel_2021 />
== الوظيفة ==
وظيفة ORF3d غير معروفة، ومن الممكن أن هذا الجين لا يشفر بروتينا له أي دور وظيفي في دورة حياة الفيروس، حين يُعبر عنه تحت الظروف التجريبية في [[زرع الخلايا|خلايا مزروعة]]، يبدو أن بروتين ORF3d يعمل كمضاد لل[[إنترفيرون]].<ref name=lu_2020 />
تم الإبلاغ عن استجابات قوية [[جسم مضاد|لأجسام مضادة]] ضد [[ببتيد]]ات من الـORF3d في مرضى متعافين من [[مرض فيروس كورونا 2019|كوفيد 19]].<ref name=hachim_2020 />
== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}
{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|كيمياء حيوية|علم الفيروسات}}
[[تصنيف:بروتينات فيروس كورونا]]
[[تصنيف:بروتينات فيروسية لابنيوية]]