عرض مصدر ORF3b

{{Infobox nonhuman protein
| Name = ORF3b
| image =
| width =
| caption =
| Organism = SARS-CoV
| TaxID = 694009
| Symbol = ORF3b
| AltSymbols =
| ATC_prefix =
| ATC_suffix =
| ATC_supplemental =
| CAS_number =
| CAS_supplemental =
| DrugBank =
| EntrezGene =
| HomoloGene =
| PDB =
| RefSeqmRNA =
| RefSeqProtein =
| UniProt = P59633
| ECnumber =
| Chromosome =
| EntrezChromosome =
| GenLoc_start =
| GenLoc_end =
}}
{{Infobox nonhuman protein
| Name = ORF3b
| image =
| width =
| caption =
| Organism = SARS-CoV-2
| TaxID = 2697049
| Symbol = ORF3b
| AltSymbols =
| ATC_prefix =
| ATC_suffix =
| ATC_supplemental =
| CAS_number =
| CAS_supplemental =
| DrugBank =
| EntrezGene =
| HomoloGene =
| PDB =
| RefSeqmRNA =
| RefSeqProtein =
| UniProt = P0DTF1
| ECnumber =
| Chromosome =
| EntrezChromosome =
| GenLoc_start =
| GenLoc_end =
}}
'''ORF3b''' هو [[جين]] يتواجد في [[جنيس (تصنيف)|جُنيس]] [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|الفيروسات السارسية]] من فصيلة [[فيروس كورونا|فيروسات كورونا]]. وهو متواجد في كل من [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]] (الذي يسبب مرض [[متلازمة تنفسية حادة وخيمة|السارس]]) و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] (الذي يسبب [[مرض فيروس كورونا 2019|كوفيد 19]]) رغم أن البروتين الناتج له طول مختلف كليا عند كل فيروس، فهو أقصر بكثير لدى سارس-كوف-2 بطول 22 [[حمض أميني]] مقارنة بـ 153-155 حمض أميني لدى سارس-كوف.<ref name="jungreis_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Jungreis |مؤلف1-الأول=Irwin |مؤلف2-الأخير=Nelson |مؤلف2-الأول=Chase W. |مؤلف3-الأخير=Ardern |مؤلف3-الأول=Zachary |مؤلف4-الأخير=Finkel |مؤلف4-الأول=Yaara |مؤلف5-الأخير=Krogan |مؤلف5-الأول=Nevan J. |مؤلف6-الأخير=Sato |مؤلف6-الأول=Kei |مؤلف7-الأخير=Ziebuhr |مؤلف7-الأول=John |مؤلف8-الأخير=Stern-Ginossar |مؤلف8-الأول=Noam |مؤلف9-الأخير=Pavesi |مؤلف9-الأول=Angelo |الأخير10=Firth |الأول10=Andrew E. |الأخير11=Gorbalenya |الأول11=Alexander E. |الأخير12=Kellis |الأول12=Manolis |عنوان=Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution |صحيفة=Virology |تاريخ=June 2021 |المجلد=558 |صفحات=145–151 |doi=10.1016/j.virol.2021.02.013|hdl=1721.1/130363 |hdl-access=free }}</ref><ref name="konno_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Konno |مؤلف1-الأول=Yoriyuki |مؤلف2-الأخير=Kimura |مؤلف2-الأول=Izumi |مؤلف3-الأخير=Uriu |مؤلف3-الأول=Keiya |مؤلف4-الأخير=Fukushi |مؤلف4-الأول=Masaya |مؤلف5-الأخير=Irie |مؤلف5-الأول=Takashi |مؤلف6-الأخير=Koyanagi |مؤلف6-الأول=Yoshio |مؤلف7-الأخير=Sauter |مؤلف7-الأول=Daniel |مؤلف8-الأخير=Gifford |مؤلف8-الأول=Robert J. |مؤلف9-الأخير=Nakagawa |مؤلف9-الأول=So |الأخير10=Sato |الأول10=Kei |عنوان=SARS-CoV-2 ORF3b Is a Potent Interferon Antagonist Whose Activity Is Increased by a Naturally Occurring Elongation Variant |صحيفة=Cell Reports |تاريخ=September 2020 |المجلد=32 |العدد=12 |صفحات=108185 |doi=10.1016/j.celrep.2020.108185|pmc=7473339 }}</ref> أُبلِغ أن كلا البروتينين القصير والطويل [[مناهضة (أدوية)|مناهضين]] لل[[إنترفيرون]].<ref name=konno_2020 /> من غير المعروف إن كان جين سارس-كوف-2 يعبر عن بروتين وظيفي.<ref name=jungreis_2021_natcom />
== التسمية ==
كان هنالك خلط كبير في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى البروتينات الملحقة لسارس-كوف-2، خاصة تسمية عدة [[جين متداخل|جينات متداخلة]] في الـ[[ORF3a]].<ref name=jungreis_2021 /> بسبب اختلاف جينومي سارس-كوف وسارس-كوف-2 فإنه يُشار إلى [[قالب قراءة مفتوح|إطاري قراة مفتوحين]] ({{ام|ORF|open reading frame}}) مختلفين في جينوم سارس-كوف-2 بـ"ORF3b". في سارس-كوف، الـORF3b هو جين طوله 155 [[شيفرة جينية|كودونا]]، وفي سارس-كوف-2 تحتوي المنطقة [[تنادد|المماثلة]] له من الجينوم عدة [[كودون توقف|كودونات توقف]] في نفس إطار القراءة، ونتج عن ذلك جين مبتور طوله 22 كودونا. نتيجة لذلك، تستخدم بعض الأوراق العلمية المصطلح "ORF3b" للإشارة إلى إطار القراءة المفتوح اللاحق الذي طوله 57 كودونا.<ref name=jungreis_2021 /> وما زاد الخلط أن كلا البروتينين الناتجين سواء من جين 57 كودون<ref name="lu_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Lu |مؤلف1-الأول=Roujian |مؤلف2-الأخير=Zhao |مؤلف2-الأول=Xiang |مؤلف3-الأخير=Li |مؤلف3-الأول=Juan |مؤلف4-الأخير=Niu |مؤلف4-الأول=Peihua |مؤلف5-الأخير=Yang |مؤلف5-الأول=Bo |مؤلف6-الأخير=Wu |مؤلف6-الأول=Honglong |مؤلف7-الأخير=Wang |مؤلف7-الأول=Wenling |مؤلف8-الأخير=Song |مؤلف8-الأول=Hao |مؤلف9-الأخير=Huang |مؤلف9-الأول=Baoying |الأخير10=Zhu |الأول10=Na |الأخير11=Bi |الأول11=Yuhai |الأخير12=Ma |الأول12=Xuejun |الأخير13=Zhan |الأول13=Faxian |الأخير14=Wang |الأول14=Liang |الأخير15=Hu |الأول15=Tao |الأخير16=Zhou |الأول16=Hong |الأخير17=Hu |الأول17=Zhenhong |الأخير18=Zhou |الأول18=Weimin |الأخير19=Zhao |الأول19=Li |last20=Chen |first20=Jing |الأخير21=Meng |الأول21=Yao |الأخير22=Wang |الأول22=Ji |الأخير23=Lin |الأول23=Yang |الأخير24=Yuan |الأول24=Jianying |الأخير25=Xie |الأول25=Zhihao |الأخير26=Ma |الأول26=Jinmin |الأخير27=Liu |الأول27=William J |الأخير28=Wang |الأول28=Dayan |الأخير29=Xu |الأول29=Wenbo |الأخير30=Holmes |الأول30=Edward C |الأخير31=Gao |الأول31=George F |الأخير32=Wu |الأول32=Guizhen |الأخير33=Chen |الأول33=Weijun |الأخير34=Shi |الأول34=Weifeng |الأخير35=Tan |الأول35=Wenjie |عنوان=Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding |صحيفة=The Lancet |تاريخ=February 2020 |المجلد=395 |العدد=10224 |صفحات=565–574 |doi=10.1016/S0140-6736(20)30251-8|pmc=7159086 }}</ref> أو جين 22 كودون<ref name=konno_2020 /> لهما تأثيرات مماثلة كمضادين لل[[إنترفيرون]].<ref name=jungreis_2021 /> علاوة على ذلك، وُصف {{وإو|لغ=en|تر=Putative gene|عر=جين محتمل|نص=الناتج المحتمل}} من إطار ثالث بطول 41 كودونا على الأقل مرة واحدة بأنه «البروتين 3b».<ref name=jungreis_2021 /><ref name="pavesi_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Pavesi |مؤلف1-الأول=Angelo |عنوان=New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis |صحيفة=Virology |تاريخ=July 2020 |المجلد=546 |صفحات=51–66 |doi=10.1016/j.virol.2020.03.007|pmc=7157939 }}</ref> العديد من المنشورات حول سارس-كوف-2 تشير إلى "ORF3b" بشكل غير واضح.<ref name=jungreis_2021 />
التسمية الموصى بها في سارس-كوف-2 هي استخدام المصطلح ORF3b للجين [[تنادد|النديد]] الذي طوله 22 كودونا الموجود في النهاية 5' لجين ORF3b الخاص بسارس-كوف. ويُستخدم المصطلح ORF3c للجين الذي طوله 41 كودونا والمصطلح ORF3d للجين الذي طوله 57 كودونا.<ref name=jungreis_2021 />
== علم الجينوم المقارن ==
مثل الجينات الأخرى المشفرة للبروتينات الملحقة، يتواجد الـORF3b بالقرب من الجينات المشفرة [[بروتين فيروسي#بروتينات بنيوية فيروسية|للبروتينات البنيوية]] في [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)#النهاية 3'|النهاية 3']]. وهو أحد عدة جينات متداخلة في هذه المنطقة من الجينوم، ويتداخل مع [[ORF3a]] وفي سارس-كوف يتداخل مع الجين E المشفر [[البروتين الغلافي لفيروس كورونا|لبروتين الغلاف]].<ref name=jungreis_2021 /> يختلف طوله بشكل كبير من 22 حمض أميني في سارس-كوف-2 إلى حوالي 155 حمض أميني في سارس-كوف،<ref name=jungreis_2021 /> مع تواجد [[تنادد|ندائد]] مبتورة في فيروسات كورونا خفاشية ذات أطوال تتراوح بين هذين الطولين.<ref name="hu_2017">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Hu |مؤلف1-الأول=Ben |مؤلف2-الأخير=Zeng |مؤلف2-الأول=Lei-Ping |مؤلف3-الأخير=Yang |مؤلف3-الأول=Xing-Lou |مؤلف4-الأخير=Ge |مؤلف4-الأول=Xing-Yi |مؤلف5-الأخير=Zhang |مؤلف5-الأول=Wei |مؤلف6-الأخير=Li |مؤلف6-الأول=Bei |مؤلف7-الأخير=Xie |مؤلف7-الأول=Jia-Zheng |مؤلف8-الأخير=Shen |مؤلف8-الأول=Xu-Rui |مؤلف9-الأخير=Zhang |مؤلف9-الأول=Yun-Zhi |الأخير10=Wang |الأول10=Ning |الأخير11=Luo |الأول11=Dong-Sheng |الأخير12=Zheng |الأول12=Xiao-Shuang |الأخير13=Wang |الأول13=Mei-Niang |الأخير14=Daszak |الأول14=Peter |الأخير15=Wang |الأول15=Lin-Fa |الأخير16=Cui |الأول16=Jie |الأخير17=Shi |الأول17=Zheng-Li |عنوان=Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus |صحيفة=PLOS Pathogens |تاريخ=30 November 2017 |المجلد=13 |العدد=11 |صفحات=e1006698 |doi=10.1371/journal.ppat.1006698|pmc=5708621 }}</ref><ref name="zhou_2012">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Zhou |مؤلف1-الأول=Peng |مؤلف2-الأخير=Li |مؤلف2-الأول=Hongxia |مؤلف3-الأخير=Wang |مؤلف3-الأول=Hanzhong |مؤلف4-الأخير=Wang |مؤلف4-الأول=Lin-Fa |مؤلف5-الأخير=Shi |مؤلف5-الأول=Zhengli |عنوان=Bat severe acute respiratory syndrome-like coronavirus ORF3b homologues display different interferon antagonist activities |صحيفة=Journal of General Virology |تاريخ=1 February 2012 |المجلد=93 |العدد=2 |صفحات=275–281 |doi=10.1099/vir.0.033589-0|doi-access=free }}</ref> هو إطار القراءة المفتوح الوحيد في جُنيس [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|الفيروسات السارسية]] الذي يملك تغيرات كبيرة في طوله بين فيروسات هذا الجنيس، تسلسله [[تسلسل محفوظ|غير محفوظ]] جيدا بين أنواع الفيروسات المرتبطة بالسارس.<ref name="jungreis_2021_natcom">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Jungreis |مؤلف1-الأول=Irwin |مؤلف2-الأخير=Sealfon |مؤلف2-الأول=Rachel |مؤلف3-الأخير=Kellis |مؤلف3-الأول=Manolis |عنوان=SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes |صحيفة=Nature Communications |تاريخ=December 2021 |المجلد=12 |العدد=1 |صفحات=2642 |doi=10.1038/s41467-021-22905-7|hdl=1721.1/130581 |hdl-access=free }}</ref>
== التعبير والتموقع ==
في سارس-كوف، يُترجم بروتين ORF3b عبر {{وإو|موقع دخول الريبوسوم الداخلي|Internal ribosome entry site}} ({{ام|IRES|Internal ribosome entry site}}).<ref name="liu_2014">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Liu |مؤلف1-الأول=Ding Xiang |مؤلف2-الأخير=Fung |مؤلف2-الأول=To Sing |مؤلف3-الأخير=Chong |مؤلف3-الأول=Kelvin Kian-Long |مؤلف4-الأخير=Shukla |مؤلف4-الأول=Aditi |مؤلف5-الأخير=Hilgenfeld |مؤلف5-الأول=Rolf |عنوان=Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses |صحيفة=Antiviral Research |تاريخ=September 2014 |المجلد=109 |صفحات=97–109 |doi=10.1016/j.antiviral.2014.06.013|pmc=7113789 }}</ref> ويملك {{وإو|إشارة توجيه إلى النواة|Nuclear localization sequence}} في النهاية الكربوكسيلية وتم تحديد تواجده في [[نوية (خلية)|النوية]] و[[ميتوكندريون|المتقدرات]]. وهو ليس أساسيا لتضاعف الفيروس.<ref name=liu_2014 />
في سارس-كوف-2، من غير الواضح ما إذا كان ORF3b وظيفيا. تم استخدام كل من دراسات ال[[بروتيوميات]]، [[تتابع الحمض النووي الريبي RNA|سَلسَلة رنا]] [[رنا جينومي فرعي|جينومات الرنا الفرعية]]، [[برفلة الريبوسوم]]، و[[علم الجينوم المقارن]] لاختبار وظيفة محتوى الجين في سارس-كوف-2 ووُجدت أدلة صغيرة على أن الـORF3b [[تعبير جيني|يُعبر]] عن بروتين وظيفي.<ref name=liu_2014 /> أُبلغ أن بروتين سارس-كوف-2 يتموقع في [[عصارة خلوية|العصارة الخلوية]] حين يُعبر عنه في مزرعة خلوية.<ref name=konno_2020 /> أُبلغ كذلك أن الهيئات المبتورة من البروتين في فيروسات كورونا الخفاشية تتواجد في العصارة الخلوية كذلك، على الأرحج بسبب فقدانها لإشارة التوجيه إلى النواة في النهاية الكربوكسيلية.<ref name=zhou_2012 />
== الوظيفة ==
=== نمو الخلية ===
في سارس-كوف، أُبلغ أن الـORF3b يُحدث توقف [[دورة الخلية]] في [[طور G0|G0]]/[[طور النمو الأول|G1]] ويتسبب في ال[[استماتة (بيولوجيا)|استماتة]] حين تمت دراسته في [[زرع الخلايا|مزرعة خلايا]].<ref name=liu_2014 /><ref name=yuan_2005>{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Yuan |مؤلف1-الأول=X. |مؤلف2-الأخير=Shan |مؤلف2-الأول=Y. |مؤلف3-الأخير=Chen |مؤلف3-الأول=J. |مؤلف4-الأخير=Cong |مؤلف4-الأول=Y. |عنوان=G0/G1 arrest and apoptosis induced by SARS-CoV 3b protein in transfected cells. |صحيفة=Virol J |تاريخ=17 August 2005 |المجلد=2 |العدد=66 |صفحة=66 |doi=10.1186/1743-422X-2-66 |pmid=16107218|pmc=1190220 }}</ref>
=== مضاد للإنترفيرون ===
في سارس-كوف، وُصف الـORF3b على أنه مضاد للإنترفيرون، ويمنع استجابة ال[[إنترفيرون نوع 1]] عبر تثبيط [[IRF3|عامل تنظيم الإنترفيرون 3]] ({{ام|IRF3|Interferon regulatory factor 3}}).<ref name=liu_2014 /> توحي دراسات بروتين ORF3b المبتور الخاص بسارس-كوف-2 في [[زرع الخلايا|الخلايا المزروعة]] إلى أنه مضاد إنترفيرون أكثر قوة من بروتين سارس-كوف، وهو أمر قد تكون له صلة بالاختلافات في الطول والتموقع الخلوي.<ref name=konno_2020 />
=== تأثير على AP-1 ===
في سارس-كوف، أُبلغ أن بروتين الـORF3b ينشط {{وإو|عامل النسخ AP-1|AP-1 transcription factor}} عبر [[تأشير الخلية|مساري التأشير]] {{وإو|لغ=en|تر=Extracellular signal-regulated kinases|عر=كينازات  منظمة بإشارة خارج خلوية|نص=ERK}} و{{وإو|لغ=en|تر=c-Jun N-terminal kinases|عر=كينازات النهاية الأمينية لـ c-Jun|نص=JNK}}.<ref name=liu_2014 /><ref>{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Varshney |مؤلف1-الأول=B |مؤلف2-الأخير=Lal |مؤلف2-الأول=SK |عنوان=SARS-CoV accessory protein 3b induces AP-1 transcriptional activity through activation of JNK and ERK pathways |صحيفة=Biochemistry |تاريخ=21 June 2011 |المجلد=50 |العدد=24 |صفحات=5419–5425 |doi=10.1021/bi200303r |pmid=21561061}}</ref>
== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}
{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|علم الأحياء الخلوي والجزيئي|كيمياء حيوية|علم الفيروسات}}
[[تصنيف:بروتينات فيروس كورونا]]
[[تصنيف:بروتينات فيروسية لابنيوية]]