عرض مصدر ORF3a

{{Pfam box
| class = <!-- to save space: mw-collapsible mw-collapsed -->
| Symbol = bCoV_viroporin
| Name = Betacoronavirus viroporin
| image = 6xdc SARS-CoV-2 ORF3a.png
| caption = بنية [[مثنوي بروتين|البروتين المثنوي]] الخاص بـORF3a  الخاص بفيروس سارس-كوف-2 المحددة بواسطة [[مجهر إلكتروني فائق البرودة|المجهرالإلكتروني فائق البرودة]]. {{PDB|6XDC}}.<ref name=kern_2021 />
| Pfam = PF11289
| Pfam_clan =
| InterPro = IPR024407
| SMART =
| PROSITE =
| MEROPS =
| CATH =
| SCOP =
| TCDB =
| OPM family =
| OPM protein =
| CAZy =
| CDD =
| Membranome superfamily =
| Membranome family =
}}
'''ORF3a''' (المعروف سابقا بـ'''X1''' أو '''U274''')<ref name="liu_2014">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Liu |مؤلف1-الأول=Ding Xiang |مؤلف2-الأخير=Fung |مؤلف2-الأول=To Sing |مؤلف3-الأخير=Chong |مؤلف3-الأول=Kelvin Kian-Long |مؤلف4-الأخير=Shukla |مؤلف4-الأول=Aditi |مؤلف5-الأخير=Hilgenfeld |مؤلف5-الأول=Rolf |عنوان=Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses |صحيفة=Antiviral Research |تاريخ=September 2014 |المجلد=109 |صفحات=97–109 |doi=10.1016/j.antiviral.2014.06.013|pmid=24995382 |pmc=7113789 }}</ref> هو [[جين]] يتواجد لدى [[فيروس كورونا|فيروسات كورونا]] التي تنتمي إلى [[جنيس (تصنيف)|الجنيس]] [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|المسبب للسارس]] الذي يشمل [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]]<ref name=liu_2014 /><ref name="mcbride_2012">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=McBride |مؤلف1-الأول=Ruth |مؤلف2-الأخير=Fielding |مؤلف2-الأول=Burtram |عنوان=The Role of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)-Coronavirus Accessory Proteins in Virus Pathogenesis |صحيفة=Viruses |تاريخ=7 November 2012 |المجلد=4 |العدد=11 |صفحات=2902–2923 |doi=10.3390/v4112902|pmid=23202509 |pmc=3509677 |doi-access=free }}</ref> و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]].<ref name="kern_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Kern |مؤلف1-الأول=David M. |مؤلف2-الأخير=Sorum |مؤلف2-الأول=Ben |مؤلف3-الأخير=Mali |مؤلف3-الأول=Sonali S. |مؤلف4-الأخير=Hoel |مؤلف4-الأول=Christopher M. |مؤلف5-الأخير=Sridharan |مؤلف5-الأول=Savitha |مؤلف6-الأخير=Remis |مؤلف6-الأول=Jonathan P. |مؤلف7-الأخير=Toso |مؤلف7-الأول=Daniel B. |مؤلف8-الأخير=Kotecha |مؤلف8-الأول=Abhay |مؤلف9-الأخير=Bautista |مؤلف9-الأول=Diana M. |الأخير10=Brohawn |الأول10=Stephen G. |عنوان=Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 ORF3a in lipid nanodiscs |صحيفة=Nature Structural & Molecular Biology |تاريخ=July 2021 |المجلد=28 |العدد=7 |صفحات=573–582 |doi=10.1038/s41594-021-00619-0|pmid=34158638 |s2cid=235609553 |doi-access=free }}</ref><ref name="redondo_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Redondo |مؤلف1-الأول=Natalia |مؤلف2-الأخير=Zaldívar-López |مؤلف2-الأول=Sara |مؤلف3-الأخير=Garrido |مؤلف3-الأول=Juan J. |مؤلف4-الأخير=Montoya |مؤلف4-الأول=Maria |عنوان=SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns |صحيفة=Frontiers in Immunology |تاريخ=7 July 2021 |المجلد=12 |صفحات=708264 |doi=10.3389/fimmu.2021.708264|pmid=34305949 |pmc=8293742 |doi-access=free }}</ref> ويشفر بروتينا [[بروتين فيروسي#بروتينات منظمة وملحقة فيروسية|ملحقا]] طوله حوالي 275 حمض أميني يُعتقد أن له وظيفة [[فيروبورين]].<ref name=kern_2021 /> وهو أطول بروتين فيروسي ملحق <ref name=liu_2014 /><ref name=redondo_2021 /> وكان أول البروتينات الملحقة التي تم تحديدها في فيروس سارس-كوف.<ref name=mcbride_2012 />
== علم مقارنة الجينومات ==
ORF3a [[تسلسل محفوظ|محفوظ]] جيدا في الجنس الفرعي [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة|ساربيكوفيروس]].<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> ويتماثل تسلسل بروتينه بنسبة 73% بين [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس كوف]] (274 حمض أميني) و[[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 2|سارس-كوف-2]] (275 حمض أميني).<ref name=kern_2021 /> يتواجد داخل [[قالب قراءة مفتوح|إطار القراءة المفتوح]] الخاص بـORF3a عدة [[جين متداخل|جينات متداخلة]]: ORF3a و[[ORF3b]] و(في سارس-كوف-2 فقط) [[ORF3c]]. يمثل التداخل بين ORF3a وORF3c وORF3d مثالا نادرا على أن جميع [[إطار القراءة|إطارات القراءة]] الثلاثة الممكنة لنفس التسلسل تشفر بروتينات وظيفية.<ref name="nelson_2020">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Nelson |مؤلف1-الأول=Chase W |مؤلف2-الأخير=Ardern |مؤلف2-الأول=Zachary |مؤلف3-الأخير=Goldberg |مؤلف3-الأول=Tony L |مؤلف4-الأخير=Meng |مؤلف4-الأول=Chen |مؤلف5-الأخير=Kuo |مؤلف5-الأول=Chen-Hao |مؤلف6-الأخير=Ludwig |مؤلف6-الأول=Christina |مؤلف7-الأخير=Kolokotronis |مؤلف7-الأول=Sergios-Orestis |مؤلف8-الأخير=Wei |مؤلف8-الأول=Xinzhu |عنوان=Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic |صحيفة=eLife |تاريخ=1 October 2020 |المجلد=9 |صفحات=e59633 |doi=10.7554/eLife.59633|pmid=33001029 |pmc=7655111 }}</ref><ref name="jungreis_2021">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Jungreis |مؤلف1-الأول=Irwin |مؤلف2-الأخير=Nelson |مؤلف2-الأول=Chase W. |مؤلف3-الأخير=Ardern |مؤلف3-الأول=Zachary |مؤلف4-الأخير=Finkel |مؤلف4-الأول=Yaara |مؤلف5-الأخير=Krogan |مؤلف5-الأول=Nevan J. |مؤلف6-الأخير=Sato |مؤلف6-الأول=Kei |مؤلف7-الأخير=Ziebuhr |مؤلف7-الأول=John |مؤلف8-الأخير=Stern-Ginossar |مؤلف8-الأول=Noam |مؤلف9-الأخير=Pavesi |مؤلف9-الأول=Angelo |الأخير10=Firth |الأول10=Andrew E. |الأخير11=Gorbalenya |الأول11=Alexander E. |الأخير12=Kellis |الأول12=Manolis |عنوان=Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution |صحيفة=Virology |تاريخ=June 2021 |المجلد=558 |صفحات=145–151 |doi=10.1016/j.virol.2021.02.013|pmid=33774510 |pmc=7967279 }}</ref>
رغم أن ORF3a متواجد في الجُنيس ساربيكوفيروس، إلا أنه غائب في جُنيس آخر من [[فيروس كورونا بيتا|فيروسات كورونا بيتا]] وهو [[فيروس إمبيكو|إمبيكوفيروس]] الذي يشمل فيروسي كورونا البشريين: [[فيروس كورونا البشري HKU1|HKU1]] و[[فيروس كورونا البشري OC43|OC43]]، ويمكن أن يكون ذو صلة بعيدة مع الـORF5 في جنيس [[فيروس إمبيكو|ميربيكوفيروس]] الذي يشمل فيروس [[فيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية|ميرس-كوف]]. تم تحديد [[تنادد|نديد]] لـORF3a في [[فيروس كورونا ألفا|فيروسات كورونا ألفا]] التي تشمل فيروسي كورونا البشريين [[فيروس كورونا البشري 229E|229E]] و[[فيروس كورونا البشري NL63|NL63]]، ولم يتم تحديد نديد له في [[فيروس كورونا غاما|فيروسات كورونا غاما]] و[[فيروس كورونا دلتا|فيروسات كورونا دلتا]].<ref name=kern_2021 />
== البنية ==
بروتين ORF3a هو [[بروتين عبر غشائي]] يحتوي ثلاث [[نطاق عبر غشائي|نطاقات عبر غشائية]]، ويملك [[نطاق خارجي]] [[نهاية أمينية|بالنهاية الأمينية]] ونطاق داخلي [[نهاية كربوكسيلية|بالنهاية الكربوكسيلية]] والذي تفصله عن النطاق عبر الغشائي منطقة غنية بال[[سيستئين]].<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> يُعتقد أنه يعمل كثنائي أو [[رباعي القسيمات|رباعي قسيمات]] يتم تجميعه عند الغشاء البلازمي، كما يمكن أن يشكل [[قليل القسيمات|قليل قسيمات]] أكبر ذو تأثيرات وظيفية غير معروفة.<ref name=kern_2021 /><ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 />
=== تعديلات ما بعد الترجمة ===
في [[تعديل ما بعد الترجمة|تعديلات ما بعد الترجمة]]، لوحظت [[غلكزة O|غلكزة-O]] في سارس-كوف،<ref name=mcbride_2012 /><ref name="oostra_2006">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Oostra |مؤلف1-الأول=M. |مؤلف2-الأخير=de Haan |مؤلف2-الأول=C. A. M. |مؤلف3-الأخير=de Groot |مؤلف3-الأول=R. J. |مؤلف4-الأخير=Rottier |مؤلف4-الأول=P. J. M. |عنوان=Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M |صحيفة=Journal of Virology |تاريخ=March 2006 |المجلد=80 |العدد=5 |صفحات=2326–2336 |doi=10.1128/JVI.80.5.2326-2336.2006|pmid=16474139 |pmc=1395384 }}</ref> ولوحظت [[غلكزة N|غلكزة-N]] في فيروس [[فيروس كورونا البشري NL63|NL63]].<ref name=muller_2010 />
== التعبير والتموقع ==
{{صندوق معلومات جينوم
| image         = File:SARS-CoV-2 genome.svg
| caption       = الترتيب [[علم الجينوم|الجينومي]] لمستخلصة Wuhan-Hu-1، وهي أول عينة من سارس-كوف-2 حُدد تسلسلها، توضح موقع ORF3a في الجينوم.
| taxId         = 86693
| size          = 29,903 bases
| year          = 2020
| ucsc_assembly = wuhCor1
}}
يتواجد جين ORF3a مع جينات بروتينات ملحقة أخرى بجوار الجينات المشفرة للبروتينات البنيوية في [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)#النهاية 3'|النهاية 3']] الخاصة بالرنا الجينومي لفيروس كورونا. يقع ORF3a بين جيني [[البروتين الشوكي لفيروس كورونا|الشوكة]] (S) و[[البروتين الغلافي لفيروس كورونا|الغلاف]] (E)،<ref name=mcbride_2012 /> ويُعبر عنه من ثاني أكبر [[رنا جينومي فرعي]].<ref name=liu_2014 /> في سارس-كوف يتنوع تموقعه الخلوي، ويمكن العثور عليه في ال[[سيتوبلازم]] وفي [[غشاء خلوي|الغشاء الخلوي]] وفي [[جهاز غولجي]].<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> يحتوي تسلسله على [[توجيه البروتين|إشارة توجيه]] توجهه إلى الغشاء البلازمي.<ref name=mcbride_2012 /> وفي فيروس NL63 يتم توجيهه إلى {{وإو|لغ=en|تر=Vesicular-tubular cluster|عر=عنقود حويصلي أنبوبي|نص=العنقود الحويصلي الأنبوبي}} (ERGIC).<ref name="muller_2010">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Müller |مؤلف1-الأول=Marcel A |مؤلف2-الأخير=van der Hoek |مؤلف2-الأول=Lia |مؤلف3-الأخير=Voss |مؤلف3-الأول=Daniel |مؤلف4-الأخير=Bader |مؤلف4-الأول=Oliver |مؤلف5-الأخير=Lehmann |مؤلف5-الأول=Dörte |مؤلف6-الأخير=Schulz |مؤلف6-الأول=Axel R |مؤلف7-الأخير=Kallies |مؤلف7-الأول=Stephan |مؤلف8-الأخير=Suliman |مؤلف8-الأول=Tasnim |مؤلف9-الأخير=Fielding |مؤلف9-الأول=Burtram C |الأخير10=Drosten |الأول10=Christian |الأخير11=Niedrig |الأول11=Matthias |عنوان=Human Coronavirus NL63 Open Reading Frame 3 encodes a virion-incorporated N-glycosylated membrane protein |صحيفة=Virology Journal |تاريخ=December 2010 |المجلد=7 |العدد=1 |صفحات=6 |doi=10.1186/1743-422X-7-6|pmid=20078868 |pmc=2819038 }}</ref>
== الوظيفة ==
لا يبدو أن بروتين ORF3a [[جين لازم|أساسي]] [[تنسخ الفيروس|لتضاعف الفيروس]]، وتوجد أدلة متضاربة من دراسات أجريت على سارس-كوف حول ما إذا كان حذف هذا الجين يُخفض من فعالية التضاعف أم لا.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 />
=== فيروبورين ===
يُعتقد أن هذا البروتين يُشكل [[قناة أيونية]] نفوذة لل[[أيون|كاتيون]]،<ref name=kern_2021 /><ref name=mcbride_2012 /><ref name="lu_2006">{{استشهاد بدورية محكمة |مؤلف1-الأخير=Lu |مؤلف1-الأول=Wei |مؤلف2-الأخير=Zheng |مؤلف2-الأول=Bo-Jian |مؤلف3-الأخير=Xu |مؤلف3-الأول=Ke |مؤلف4-الأخير=Schwarz |مؤلف4-الأول=Wolfgang |مؤلف5-الأخير=Du |مؤلف5-الأول=Lanying |مؤلف6-الأخير=Wong |مؤلف6-الأول=Charlotte K. L. |مؤلف7-الأخير=Chen |مؤلف7-الأول=Jiadong |مؤلف8-الأخير=Duan |مؤلف8-الأول=Shuming |مؤلف9-الأخير=Deubel |مؤلف9-الأول=Vincent |الأخير10=Sun |الأول10=Bing |عنوان=Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus 3a protein forms an ion channel and modulates virus release |صحيفة=Proceedings of the National Academy of Sciences |تاريخ=15 August 2006 |المجلد=103 |العدد=33 |صفحات=12540–12545 |doi=10.1073/pnas.0605402103|pmid=16894145 |pmc=1567914 |bibcode=2006PNAS..10312540L |doi-access=free }}</ref> ويُعتقد أنه يعمل ك[[فيروبورين]].<ref name=kern_2021 /> إلى جانب البروتين الغشائي، هذا البروتين أحد اثنين من الفيروبورينات المحتملة في سارس-كوف-2، وأحد ثلاثة محتملة في [[فيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة النوع 1|سارس-كوف]] الذي يُشفر فيروبورينا ثالثا بواسطة [[ORF8]].<ref name=kern_2021 />
=== تأثرات مع البروتينات الفيروسية ===
تم إظهار أن البروتين ORF3a في سارس-كوف يقوم [[تآثرات البروتين-بروتين|بتآثرات بروتين-بروتين]] مع العديد من [[بروتين فيروسي#بروتينات بنيوية فيروسية|البروتينات البنيوية]] مثل: [[البروتين الشوكي لفيروس كورونا|البروتين الشوكي]] و[[البروتين الغشائي لفيروس كورونا|البروتين الغشائي]] و[[بروتين القفيصة النووية لفيروس كورونا|بروتين القفيصة النووية]] وكذلك [[ORF7a]] وهو بروتين ملحق آخر.<ref name=mcbride_2012 /> ويمكنه عبر المنطقة الغنية بالسيستئين إنشاء روابط [[ثنائي كبريتيد]] مع بروتين الشوكة.<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> لُوحظ إدراج بروتين [[ORF3b]] في غشاء الفيروس في سارس-كوف <ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> وفي NL63<ref name=muller_2010 /> وهو ما يشير إلى أنه بروتين فيروسي بنيوي.
=== تأثيرات على الخلية المضيفة ===
وُصفت العديد من تأثيرات ORF3a على الخلية المضيفة تحت ظروف تجريبية. ORF3a مرتبط بإحداث [[استماتة (بيولوجيا)|الاستماتة]] في دراسات شملت كلا من سارس-كوف وسارس-كوف-2 في [[زرع الخلايا|مزارع خلوية]].<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /><ref name=redondo_2021 />
=== توليد المناعة ===
بروتين ORF3a [[مولد الضد|مولد للضد]] وقد لوحظت [[جسم مضاد|الأجسام المضادة]] لدى المرضى المتعافين من إصابات بسارس-كوف (الذي يسبب مرض [[متلازمة تنفسية حادة وخيمة|السارس]])<ref name=liu_2014 /><ref name=mcbride_2012 /> أو بسارس-كوف-2 (الذي يسبب [[مرض فيروس كورونا 2019|كوفيد-19]]).<ref name=kern_2021 />
== مراجع ==
{{مراجع|محاذاة=نعم}}
{{جينومات فيروس كورونا}}
{{شريط بوابات|علم الوراثة|علم الأحياء الخلوي والجزيئي|كيمياء حيوية}}
[[تصنيف:بروتينات فيروس كورونا]]